Il progetto è diviso in due parti: la prima prevede un’attività didattica di laboratorio basata sull’utilizzo della strumentazione relativa alla attuazione di analisi di espressione genica e sulla realizzazione delle diverse fasi tecniche e delle procedure sperimentali necessarie per la realizzazione di un Laboratorio di Biologia Molecolare. L’attività prevede anche una parte seminariale propedeutica da associare a quella pratica ed una sessione conclusiva per l’analisi comparativa dei modelli patologici e sani con relativa discussione sui diversi modelli analizzati.

La seconda parte offre un approccio integrato alle tecniche di bioinformatica applicate allo studio delle proteine e dei loro ligandi. Verranno esplorati metodi di modellistica molecolare, docking e virtual screening per comprendere le basi computazionali dell'interazione biomolecolare. Il corso combina nozioni teoriche con esercitazioni pratiche, utilizzando software open source e plugin dedicati. Si pone l'accento sulla catena di lavoro che va dalla sequenza primaria fino all'analisi delle pose di docking. L'obiettivo è sviluppare autonomia nell'uso degli strumenti e nella interpretazione critica dei risultati.

DESCRIZIONE del PROGETTO:

il laboratorio di biologia molecolare comprenderà:
una parte seminariale da associare a quella pratica, propedeutica per acquisire le competenze teoriche di base del laboratorio di biologia molecolare e per prendere visione e conoscenza delle strumentazioni utilizzate e delle procedure sperimentali che verranno effettuate. L’attività verrà svolta in laboratorio è avrà durata di 2 ore.
Una parte pratica suddivisa in 3 unità da circa 2,5/3 ore ciascuna* e comprendete:Preparazione campioni di RNA – retrotrascrizione – diluizione dei campioni retrotrascritti; Preparazione dei campioni e mix di reazione per PCR – step di amplificazione con termociclatore – preparazione gel di agarosio; Diluizione tampone da corsa (1X) – preparazione campioni per corsa su gel di agarosio – elettroforesi – analisi al transilluminatoreUna sessione conclusiva di 1,5/2 ore teorica e pratica per Analisi dati e considerazioni; l’analisi comparativa di modelli patologici e sani con relativa discussione sui diversi modelli analizzati.

Bioinformatica:
Recupero e preparazione dei dati:
Download di sequenze proteiche da database (NCBI, UniProt) in formato FASTA. Identificazione e annotazione di domini funzionali tramite hmmscan/Pfam.
Allineamento di sequenze con BLAST per selezione dei template strutturali.
Allineamenti e modellistica omologa:
Allineamento strutturale di template con CE o TM-align.
Allineamento multiplo di profili con ClustalW o MUSCLE.
Costruzione del modello 3D mediante Modeller integrato in PyMOL (Plugin PyMod).
Valutazione del modello tramite profili energetici e scoring DOPE.
Costruzione e ottimizzazione di ligandi:
Generazione di molecole in PyMOL Builder: conversione di frammenti, assegnazione di cariche e pulizia energetica.
Esportazione in formati compatibili (.mol2, .pdb).
Simulazione di docking:
Utilizzo di plugin come DockingPie per definire recettore, ligando e griglia di docking.
Impostazione di parametri (dimensioni del box, numero di pose) per algoritmi di docking (AutoDock Vina, Smina, RXDock).
Ottimizzazione razionale:
Analisi comparativa tra struttura cristallina e modello docking.
Introduzione di modifiche chimiche mirate (e.g., sostituzione di gruppi funzionali) per aumentare interazioni elettrostatiche o idrofobiche.
Preparazione e redocking di derivati ottimizzati.
Virtual Screening farmacoforo-based:
Definizione di un modello farmacoforo con PHARMIT.
Filtraggio e ricerca di composti commerciali (MolPort) secondo vincoli di interazione.
Valutazione dei risultati con soglie di scoring e analisi in PyMOL.

Le attività consistono nella presentazione della struttura del laboratorio di microscopia della sua organizzazione della strumentazione e dei diversi profili professionali che in esso operano Si svolgeranno presso il Laboratorio di Microscopia Elettronica del Dipartimento SAIMLAL del Policlinico Umberto I o presso il Laboratorio di Patologia Ultrastrutturale e di Diagnostica Cellulare del Dipartimento di Medicina Clinica e Molecolare dell'AOU Sant'Andrea Tali attività saranno condotte dai ricercatori (personale di ruolo dottorandi e assegnisti di ricerca) e dal personale tecnico afferente alla struttura

Il Cammino verso Medicina è un progetto di formazione e acquisizione di basic e soft skill che permette agli studenti non solo di approfondire le proprie conoscenze, ma anche di sviluppare nuove competenze.
Il progetto si articola in cinque fasi:
1. Test conosci te stesso sul portale Sapienza www.uniroma1.it: permette allo studente di auto valutarsi e orientarsi nel percorso di studio.
2. Seminari tenuti da studenti di medicina per calare gli studenti del liceo nella realtà universitaria, stabilire relazioni e comunicare con i propri pari (peer to peer).
3. Seminario sulla gestione dell'ansia : lo studente imparerà a gestire il tempo e lo stress.
4. Simulazioni/esercitazioni del Tolc di medicina
5. Preparazione di un testo su padlet, canva, geogebra sulle discipline oggetto di studio nella piattaforma. Lo studente dovrà organizzare il proprio lavoro, i propri saperi, e creare una pagina scientifica su un argomento concordato con il tutor esterno. Acquisirà nuove competenze digitali imparando a costruire un padlet o un ebook. La prova finale verrà svolta in una giornata stabilita e solo in quella data potrà essere consegnato il lavoro finale.
Il progetto richiede una collaborazione con il docente tutor interno di circa 20 ore.

Il progetto prevede la scrittura completa di un lavoro scientifico risultato di una ricerca o di una raccolta di lavori su un argomento selezionato, La scrittura di un lavoro in lingua inglese è infatti parte integrante del lavoro del ricercatore che deve mostrare alla comunità scientifica internazionale i risultati della propria ricerca Saper scrivere un lavoro non è semplice e richiede tra le tante cose attenzione, spirito critico, capacità di sintesi, conoscenza della lingua italiana e/o inglese, capacità di interfacciarsi con banche date adeguate

Il progetto prevede un’attività didattica laboratoriale basata sull’utilizzo della strumentazione di laboratorio relativa alla preparazione di sezioni istologiche e sulla realizzazione delle diverse fasi tecniche e delle procedure sperimentali necessarie per la realizzazione di un Laboratorio di Istologia. L’attività prevede anche una parte seminariale propedeutica da associare a quella pratica ed una sessione conclusiva per l’analisi comparativa di modelli di tessuto patologici e sani con relativa discussione sui diversi modelli analizzati.

Il progetto è destinato agli studenti di istituti professionali a carattere scientifico. Il numero massimo di studenti per cui il progetto è attuabile è di 30 unità.
Si articola con modalità mista con lezioni teoriche tenute in aula, dai tutor Sapienza propedeutiche, alle attività pratiche presso i laboratori di ricerca e di didattica del Dipartimento Chimica e Tecnologia del Farmaco (Analisi dei Medicinali II).
Il progetto ha una duplice valenza quella di aiutare l’alunno nella scelta della prosecuzione degli studi, attraverso la conoscenza delle diverse realtà lavorative. In particolare l’esperienza proposta come attività di alternanza scuola lavoro mira ad implementare competenze e conoscenze acquisite in ambito scolastico attraverso la realtà delle tecniche utilizzate in campo universitario. E’ auspicabile quindi che il progetto si estenda agli alunni, che possiedano una discreta conoscenza della chimica il che, permetterà una migliore comprensione dell’attività di alternanza scuola lavoro fornita dalla Sapienza e soprattutto di apprezzare le opportunità offerte dalla chimica e tecnologia farmaceutica. Presso la sede Universitaria gli alunni, dopo una illustrazione delle principali norme di sicurezza, specifiche di un laboratorio chimico, conosceranno analisi chimiche e metodiche di laboratorio mediante esperienze dirette, al di fuori dell'ambiente scolastico. Gli studenti impareranno a preparare soluzioni, ad eseguire diluizioni, oltre a tecniche di analisi qualitativa e quantitativa. Avranno infine modo di conoscere meglio caratteristiche di elementi e composti, anche avvicinando la chimica alla vita quotidiana mediante esempi di applicazioni della chimica alle situazioni reale. A tale proposito, l’oggetto dell’esperienza, sarà l’analisi di medicinali e di alimenti, evidenziando gli aspetti relativi alle tecniche necessarie per la caratterizzazione quali-quantitativa dei prodotti e dei principi attivi in essi presenti; inoltre per quanto concerne l’analisi degli alimenti sarà descritto il profilo chimico-nutrizionale delle varie tipologie di canapa (infiorescenze e semi) e di alcuni prodotti derivati quali oli alimentari, oli essenziali e farine.
Il progetto prevede 6 ore di attività per ogni studente.

Il progetto prevede un’attività didattica laboratoriale basata sull’utilizzo della strumentazione di laboratorio relativa alla preparazione di sezioni istologiche e sulla realizzazione delle diverse fasi tecniche e delle procedure sperimentali necessarie per la realizzazione di un Laboratorio di Istologia. L’attività prevede anche una parte seminariale propedeutica da associare a quella pratica ed una sessione conclusiva per l’analisi comparativa di modelli di tessuto patologici e sani con relativa discussione sui diversi modelli analizzati.

Il Progetto si articolerà in lezioni frontali, in cui si illustrerà come è stata sviluppata la classe dei farmaci oppioidi a partire dal composto naturale morfina, con l'obiettivo di aumentare la maneggevolezza di questi farmaci e diminuirne i potenti effetti collaterali. Seguiranno poi esercitazioni in laboratorio che permetteranno di riconoscere funzioni chimiche specifiche contenute nei farmaci oppioidi.

Il Laboratorio dei Meccanimsi Molecolari delle Malattie offre agli studenti della scuola secondaria la possibilità di venire a contattao diretto con la realtà di un laboratorio di ricerca di tipo molecolare dove l'attività prevalente è quella di manipolare gli acidi nucleici nell'ambito dello studio delle malattie dell'uomo.

Il Progetto si articolerà in lezioni frontali, in cui si illustrerà come è stata sviluppata la classe dei farmaci oppioidi a partire dal composto naturale morfina, con l'obiettivo di aumentare la maneggevolezza di questi farmaci e diminuirne i potenti effetti collaterali. Seguiranno poi esercitazioni in laboratorio che permetteranno di riconoscere funzioni chimiche specifiche contenute nei farmaci oppioidi.